出生缺陷是准爸爸、准妈妈十分关心的问题。2005年美国科学家做了一项研究，比较了1500名采用广州代孕广州试管婴儿技术出生的婴儿、340名采用人工授精技术出生的婴儿和8400名自然受孕婴儿的出生缺陷发生率，发现三者的缺陷率分别为6.2%、5.0%和4.4%。

 

调查发现，广州试管婴儿出生缺陷率略高的原因，应是采用广州试管婴儿代孕的女性普遍存在着年龄偏大、原发疾病多等不利因素，会影响胚胎、胎儿发育，相应地增加了婴儿遗传缺陷所致。因此，育龄期人群应在最佳生育年龄段进行生育。

 

广州第二代试管婴儿技术(即卵泡浆内单精子注射技术)是将精子注射入卵子，许多人担心容易损伤卵子，引起孩子发育异常，但大多数研究未发现该技术导致出生缺陷增加。仅有个别文献报道称，应用广州第二代试管婴儿技术出生的男婴睾丸不降比例等略有增加，但是该病通过小手术就能解决

 

另外在某些方面，广州代孕公司的广州试管婴儿甚至会减少遗传病的发生，例如，通过采用广州第三代试管婴儿技术——胚胎种植前遗传病诊断，可以避免很多人类遗传性疾病遗传给后代，如地中海贫血、先天愚型等，这是自然受孕无法做到的。